阿德雷德大学：使用 HaploMaker 以前所未有的速度组装单倍型
阿德雷德大学生物测量中心的一个团队开发了一种改进的单倍型组装算法，可以帮助研究人员更准确地跟踪植物遗传变异。
对于努力培育具有更高产量的更坚韧作物的植物研究人员而言，能够追踪遗传性状从亲本到后代的遗传至关重要。
分析这些特征的最佳方法是对生物体的基因组进行测序——这可以准确地告诉研究人员它有哪些基因，以及是否有任何有用的变体。然而，如果没有正确的技术，就不可能分辨出哪些基因来自哪个父母。
阿德雷德大学农业、食品和葡萄酒学院的生物信息学研究员 Mario Fruzangohar 博士解释说：“要弄清楚哪一组基因来自哪个父母，我们需要组装一种叫做单倍型的东西。” “为了组装一个单倍型，我们分析了非常长的遗传物质序列，并确定了某些遗传变异组，使我们能够查明它们的亲本起源。”
这种复杂的组装是使用基于数学模型的算法执行的。以前，由于被分析序列的绝对长度以及遗传遗传的复杂性，这一直是一个计算上具有挑战性的问题。
为了应对这一挑战，由 Julian Taylor 博士领导的生物测量中心的一个团队从 Fruzangohar 博士那里寻求一种新颖的单倍型构建理念，并开发了一种名为 HaploMaker 的全新算法，该算法比以往任何时候都更快地组装单倍型。
“我们已经证明，HaploMaker 比我们的世界领先竞争对手使用的算法更快、更准确，”Fruzangohar 博士说。“在大多数情况下，我们的算法将计算时间减少了至少 50%，即使在生成更长的组装基因组时也是如此。”
这项重要的工作最近发表在国际公认的期刊GigaScience .
下一步是什么?
Fruzangohar 博士和他的同事使用基于 Java 的软件开发了 HaploMaker，该软件可以免费下载和使用，并且可以在操作系统之间轻松移植。这意味着世界上任何研究小组现在都可以访问该算法并将其用于自己的研究。
此外，Biometry 团队现在正在探索如何使用 HaploMaker 分析来自多倍体作物的遗传物质，这些作物包含两组以上的染色体。
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